草行洞ぶろぐ

Poelwijk et al. (2007) Nature, 445, 383-386.

面白そーな論文発見。酵素、遺伝子座間の相互作用（エピスタシス）といった側面から、進化の「結果」でなく「過程」を実験室で再現しました！って話。


マジ？


どれどれ・・・

なかなか面白い。少子化ってのがどんなもんかよくわかる。

当然のことながら、今、出生率を上げたって、それが即人口増加につながるわけではない。人口には死亡率が大きな要因となる。

という観点からすると、子供を5，6人くらい産んだって、平均寿命が20歳なんて社会だったら人口は減るよね、というグラフとか。


そうか、今の「団塊の世代」ってな、ベビーブームの時の世代なんだな、という話を聞くにつけ、人口変動の惰性（inertia）ってのは重要なんだな、この辺り、年代スケールのでっかい生物学で考える集団サイズとは違うな、とか考えるあたり、俺末期（汗


「耐久財としての子ども」なんて理論もあり、「装置」発言思い出して笑ったｗ

なんか懐かしいのぅ。久しぶりだ。どーれどれ。


【一番好きなものバトン】

複数回答不可。あなたの好きな…

隣で困ってる子がいるので、使い方。内容とか理論とか全部おいといて、とりあえず使い方。

１．類似度行列を用意。当然のことながら正方行列。
距離行列だったら1-距離でいいんで、とりあえずエクセルにでも準備。.csvで保存

２．Rを起動

３．このページから「ソース」の部分をコピペしてRに読ませる

４．csvファイルを読み込む。こんな感じ。

data <- read.csv("C:/Documents and Settings/ほにゃらら/a.csv",　header=F)

これはcsvファイルをテキストエディタで開いたときにこんな感じになっている時の設定。

0,-1,-2,-3
-1,0,-3,-4
-2,-3,0,-1
-3,-4,-1,0

5．あとはこれ入力しておしまい。

princo(data)

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だからそんなに苦しむな。すぐできる。

なかなか楽しみな会社さんが発足したようで。

ラジオカフェ（音が出ます）という、コンテンツ配信サイト。

いや、まだコンテンツは殆どない状態（プレオープンは5月）だけど、贔屓にしてるブログ書いてる方が始めたビジネスなんで、期待大。

さっそく「試聴音源」から対談を聞いて…と思ったら、あれ、どこから聞くのこれ？

なんだ、OPERAじゃ聞けないぞ。IEなら動いた。この辺の設定、ようわからんなぁ。

ついでに音源の直リンクも張っときまっす。


あー、ラジオ聞くの久しぶりー。

もうすぐ引越しってことで、あっちこっちで色々と送別して頂く。

なんとありがたい。

昨日は居酒屋の「伏見」。鯛に太刀魚、ヒラアジ、クモコ、カキ鍋にカキフライでどうだーっと、大変美味しゅうございました。

もう伏見にも行き納めかなーと、京都を出る前に女将さんに挨拶したかったのだが、残念ながら不在であった。むむむ。


うん、これはもう一度いけ、ということだな。


と、こんな感じで遊び歩き呑み歩いていたら、もう引越しまで3週間しかないことに今さらながら気づく。


そろそろ焦った方が良いんじゃないかい、自分？

後輩にいろいろ聞かれたんで、ちょいと復習メモ。


・MCMCMCのASDSFは0.01が基準
・PSRFは1に近い方が良い
・ブートストラップ値の 50％は事後確率の 90％くらい
・Acceptance ratioは10から70％くらい
・隣接するchainのAcceptance ratioは高めに。低すぎたら温度下げる
・ASDSFを基準にする時は初期樹形ランダムで。


…やべっ、修論のAcceptance ratio、ちょっと間違えてた…（汗